Tapasztalt elhárító került az új intézet élére, feladata „a Magyarország önazonosságát veszélyeztető befolyásolási kísérletek” beazonosításának támogatása lesz.
Az új intézet vezetőjének Horváth Józsefet nevezte ki Lánczi Tamás, a Szuverenitásvédelmi Hivatal elnöke. Horváth már friss diplomásként, 1985-ben bekerült a Belügyminisztérium III/III-as főcsoportfőnökségéhez, azaz a belső elhárításhoz – ezt anno a Népszabadság írta meg, és később maga Horváth is beszélt múltjáról a PestiTV-nek adott interjújában. A rendszerváltás után is bent maradt a szolgálatoknál, és egyre feljebb lépett a ranglétrán. 1998-ban, az első Fidesz-kormány megalakulásakor a Nemzetbiztonsági Hivatalnál műveleti főigazgató-helyettessé nevezték ki, és ezt a posztját a 2002-es kormányváltásig meg is tartotta.
2005-ben társalapítója volt az UD Zrt. nevű magántitkosszolgálatnak, ami 2008-ban vált országosan híressé. Ekkor derült ki, hogy Tombor András (az MCC alapítója) arra szerette volna felkérni az UD Zrt.-t, hogy segítsenek neki átvenni a hatalmat az MDF-ben. Az UD Zrt. vezetője pedig ehhez a munkához Csányi Sándor OTP-vezér hozzájárulását kérte. Az ügyből akkor országos botrány és évekig tartó peres eljárások lettek.
Ehhez kapcsolódóan: A Szuverenitásvédelmi Hivatal jelentése világosan mutatja az igazi feladatát
Horváth József a Fidesz 2010-es hatalomra kerülése után két évig a Katonai Biztonsági Hivatal, majd 2012–2013 között a Katonai Nemzetbiztonsági Szolgálat főigazgató-helyettese volt. 1999-ben dandártábornokká nevezték ki, majd 2012-ben vezérőrnaggyá léptették elő. 2019-től az Alapjogokért Központ biztonságpolitikai tanácsadója, a kormánymédia rendszeres megszólalója biztonságpolitikai kérdésekben.
„A Szuverenitásvédelmi Kutatóintézet azzal a céllal jött létre, hogy a jövőben tudományos elemzésekkel, hazai és nemzetközi kutatásokkal támogassa a hivatal munkáját annak érdekében, hogy a hivatal beazonosítsa és feltérképezze a Magyarország önazonosságát veszélyeztető cselekedeteket, befolyásolási kísérleteket”, áll a Szuverenitásvédelmi Hivatal közleményében, amiben indokolják az új intézmény létrejöttét.
A Szuverenitásvédelmi Hivatal elsőként a korrupció ellen küzdő Transparency International Magyarország és a tényfeltáró híroldal, az Átlátszó ellen indított vizsgálatot, múlt héten pedig az akkumulátorgyárak káros hatásai ellen küzdő Göd-ÉRT Egyesületet kezdték vizsgálni.
Ehhez kapcsolódóan: Több jogkört szeretne magának a Szuverenitásvédelmi Hivatal